Paul Koenen probeerde in zijn promotieonderzoek vast te stellen hoe een component van het HIV tot activatie van het immuunsysteem (T-cel) leidt. Een van de eiwitten waar het HIV uit bestaat, genaamd Nef, zorgt ervoor dat het immuunsysteem niet goed in staat is om te zien dat een T-cel geïnfecteerd is met HIV. Dit geeft het virus extra tijd om zichzelf te vermenigvuldigen voordat de cel vernietigd wordt door het immuunsysteem. Verder werd bekend dat Nef het signaal van de TCR manipuleert. Door manipuleren van dit signaal kan Nef de activatie van T-cellen stimuleren, waardoor het voor het virus makkelijker wordt om zich te vermenigvuldigen. Of het manipuleren van Nef van dit TCR signaal daadwerkelijk voor activatie zorgt van T-cellen was niet duidelijk en daarom wilde het onderzoeksteam dit fenomeen verder onderzoeken.

Voor dit onderzoek werd een muizenmodel ontwikkeld waarbij de HIV component tot expressie zou moeten komen in de cellen van het immuunsysteem (T-cellen). Helaas kwam de HIV component niet goed tot expressie, waardoor het niet duidelijk was waarom er geen effecten te zien waren in de cellen van het immuunsysteem. Kwam dit doordat de HIV component geen effect had op het TCR signaal of omdat de HIV component in te lage concentratie aanwezig was? Dit negatieve resultaat viel niet te publiceren, waardoor de hele promotie in gevaar kwam.

Negatieve bevindingen in medisch onderzoek zouden tussen wetenschappers onderling gedeeld moeten worden om te voorkomen dat verschillende mensen op verschillende plekken dezelfde fout maken. Toonaangevende onderzoekstijdschriften publiceren heel weinig negatieve onderzoeksresultaten. Dit heeft negatieve gevolgen voor individuele onderzoekers, maar ook voor het hele onderzoeksveld, omdat kennis en middelen onnodig worden verspild.